ระบบศาลของไทยเริ่มมีมาตั้งแต่สมัยกรุงสุโขทัยโดยมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นผู้ใช้อำนาจตุลาการในการพิจารณาพิพากษาคดีให้แก่ประชาชน และมีวิวัฒนาการโดยได้รับอิทธิพลแนวความคิดจาก “พระธรรมศาสตร์” เรื่อยมา จนสิ้นสมัยกรุงศรีอยุธยา ครั้นสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้น ได้มีการตั้งศาลขึ้นประจำหน่วยงานต่างๆ เพื่อพิจารณาพิพากษาคดี
ต่างพระเนตรพระกรรณและนำเอากฎหมายของกรุงศรีอยุธยามาปรับปรุงและบัญญัติขึ้นใหม่ เรียกว่า "กฎหมายตราสามดวง"

    ศาลในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้นมีอยู่มากมายหลายศาลกระจายกันอยู่ตามกระทรวงกรมต่าง ๆ และมีหน้าที่พิจารณาพิพากษาคดีต่างพระเนตรพระกรรณแทนพระมหากษัตริย์ ต่อมาเมื่อบ้านเมืองมีการเปลี่ยนแปลงมากขึ้น มีการติดต่อกับชาวต่างชาติลัทธิชาวตะวันตกได้แผ่ขยายเข้ามาทำให้ระบบการศาลไทยมีการเปลี่ยนแปลง มิฉะนั้นอาจเป็นเหตุที่ก่อให้เกิดความขัดแย้งกับชาติตะวันตกได้ จึงมีการปฏิรูประบบการศาลไทยขึ้นใน รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระองค์ทรงมีบทบาทในการวางรากฐานระบบการศาลยุติธรรมโดยได้รวมศาลที่กระจัดกระจายอยู่ตามกระทรวงกรมต่างๆ ให้มารวมไว้ในที่แห่งเดียวกัน เพื่อให้การพิจารณาพิพากษาคดีดำเนินไปด้วยความรวดเร็วถูกต้องเหมาะสมไม่ทำให้ราษฎรเดือดร้อน
    และในโอกาสที่กรุงเทพมหานครมีอายุครบ 100 ปี ซึ่งตรงกับวันที่ 21 เมษายน 2425 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินทางขบวนพยุหยาตรามาวางศิลาก่อพระฤกษ์อาคารศาลสถิตย์ยุติธรรม และทรงโปรดฯให้จารึกพระราชปรารภในการจัดตั้งศาลยุติธรรมไว้ในแผ่นเงิน ซึ่งเรียกว่า"หิรัญบัตร" มีความกว้าง 9.5 ซ.ม. ยาว 37.2 ซ.ม. จำนวน 4 แผ่น ฝังอยู่ใต้อาคารศาลสถิตย์ยุติธรรมบนแผ่นเงินจารึกด้วยอักษรไทยที่สวยงาม และทรงคุณค่ามาก แสดงให้เห็นถึงพระบรมราโชบายในการปกครองแผ่นดินว่ามีพระราชประสงค์ให้ตั้งศาลขึ้นเพื่อทำหน้าที่วินิจฉัยชี้ขาดอรรถคดี
    ทรงเล็งเห็นว่าบ้านเมืองจะอยู่ด้วยความสงบสุขร่มเย็นต้องอาศัยการศาลเป็นสำคัญ จึงทรงจัดระบบกฎหมายและระเบียบทางการศาลขึ้นใหม่ เพื่อให้เป็นที่ยอมรับของชาติตะวันตก โดยมีกรมหลวงพิชิตปรีชากร และพระเจ้าบรมวงศ์เธอกรมหลวงราชบุรีดิเรกฤทธิ์ เป็นกำลังสำคัญในการแก้ไขกฎหมายและปฏิรูประบบการศาลยุติธรรมให้เจริญรุ่งเรืองเป็นที่ยอมรับของนานาอารยประะเทศ
    ศาลจึงเป็นสถาบันที่ประสิทธิ์ประสาทความยุติธรรมให้แก่ประชาชนสืบมาตราบเท่าทุกวันนี้ และในโอกาสที่กรุงเทพมหานครครบรอบ 220 ปี ซึ่งตรงกับศาลยุติธรรมครบรอบ 120 ปี ในปี พ.ศ. 2545 สำนักงานศาลยุติธรรมจึงร่วมกันจัดตั้งพิพิธภัณฑ์ศาลไทยและหอจดหมายเหตุขึ้นเพื่อเป็นการน้อมรำลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณของพระบาทสมเด็จ
พระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวและพระมหากษัตริย์ไทยทุกพระองค์ที่มีต่อศาลยุติธรรม จึงถือเอา นที่ 21 เมษายนของทุกปี
เป็น"วันศาลยุติธรรม" 
    ต่อมาเมื่อปี พ.ศ.2478 ได้มีการประกาศใช้พระธรรมนูญศาลยุติธรรมแบ่งแยกงานศาลยุติธรรมออกต่างหากจากกันเป็นสองฝ่าย คืองานธุรการและงานตุลาการ โดยให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรมเป็นผู้รับผิดชอบงานธุรการ ส่วนงานตุลาการ คือการพิจารณาพิพากษา เป็นอำนาจของตุลาการโดยเฉพาะ

    นับแต่ตั้งกระทรวงยุติธรรมทำหน้าที่ดูแลรับผิดชอบงานธุรการของศาลยุติธรรมมาได้ 100 ปีเศษ จึงได้เกิดแนวความคิดที่จะแยกศาลยุติธรรมออกจากกระทรวงยุติธรรม เพื่อให้พ้นจากข้อระแวงสงสัยว่าศาลยุติธรรมอาจถูกแทรกแซงจากฝ่ายบริหารและไม่มีอิสระในการพิจารณาพิพากษาคดี

    จนกระทั่งได้มีรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 แยกศาลยุติธรรมออกจากกระทรวงยุติธรรม บัญญัติให้
ศาลยุติธรรมมีหน่วยงานธุรการของศาลยุติธรรมที่เป็นอิสระ ให้เลขาธิการสำนักงานศาลยุติธรรมเป็นผู้บังคับบัญชาขึ้นตรงต่อประธานศาลฎีกา และพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการศาลยุติธรรม พ.ศ.2543 มาตรา 5 บัญญัติให้มีสำนักงานศาลยุติธรรมเป็นส่วนราชการที่เป็นหน่วยงานอิสระ มีฐานะเป็นนิติบุคคล เมื่อกฎหมายดังกล่าวมีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 20 สิงหาคม 2543 จึงถือว่าศาลยุติธรรมแยกออกจากกระทรวงยุติธรรมนับแต่นั้นเป็นต้นมา

บทบาทภารกิจของสำนักงานศาลยุติธรรม มีดังนี้

๑) กำหนดนโยบายการบริหารด้านบุคลากร งบประมาณและแผนงานให้เป็นไปตามหลักการสร้างระบบบริหารกิจการบ้านเมืองและสังคมที่ดี (Good Governance)

๒) ดำเนินการด้านเลขานุการของคณะกรรมการตุลาการ (ก.ต.) คณะกรรมการบริหารศาลยุติธรรม (ก.บ.ศ.) และคณะกรรมการข้าราชการศาลยุติธรรม (ก.ศ.)

๓) สรรหาอัตรากำลังข้าราชการตุลาการและธุรการ พร้อมทั้งพัฒนาศักยภาพและทักษะอย่างเป็นระบบและต่อเนื่อง

๔) ส่งเสริมงานวิจัยเพื่อพัฒนากฎหมายและระบบงานของศาลยุติธรรมให้มีประสิทธิภาพและมีประสิทธิผล

๕) ติดตามและประเมินผลการปฏิบัติงาน กำหนดตัวชี้วัดประสิทธิผลและมูลค่าผลงานต่อหน่วย (Unit Cost)

๖) ประสานงานกับหน่วยงานในกระบวนการยุติธรรมเพื่อคุ้มครองสิทธิมนุษยชนอย่างกว้างขวาง